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Primer design HELP!

 
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davidhill
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Messages: 215

MessagePosté le: Sam 15 Juil - 11:03 (2017)    Sujet du message: Primer design HELP! Répondre en citant

Hello everyone,
 
I am struggling with some primer design and my training in molecular biology is limited. After designing a primer to select for Shiga toxin 1 for several strains and serotypes of E. coli, I noticed after blasting my primer sets that I was also matching Enterobacter phage and Stx 1 converting phage. What I am trying to determine is, if doing traditional PCR, will I end up selecting for both my target sequence in E. coli as well as where my primers anneal (100% match through blast) to the phage? There is a slight variation in amplicon size but perhaps this is something I really don't need to worry about?
 
Any info would be helpful
 
Thanks!











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MessagePosté le: Sam 15 Juil - 11:03 (2017)    Sujet du message: Publicité

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